Tại Harvard có các cơ sở thể thao như Lavietes Pavillion, một vận động trường đa năng và là sân nhà của các đội bóng rổ của Harvard. Trung tâm Thể thao Malkin (MAC) vừa là tiện nghi thể dục thể thao phục vụ sinh viên của trường vừa là cơ sở vệ tinh cho các cuộc thi đấu liên trường. Tòa nhà năm tầng của MAC có hai phòng tim mạch, một hồ bơi tiêu chuẩn Olympic, một hồ bơi nhỏ cho môn thể dục nhịp điệu dưới nước và các môn khác, một tầng lửng dành cho các lớp học suốt cả ngày, một phòng tập xe đạp trong nhà, ba phòng tập thể hình, và ba sân tập thể dục có thể sử dụng để chơi bóng rổ. MAC cũng cung cấp dịch vụ huấn luyện cá nhân và các lớp học đặc biệt. MAC là sân nhà của các đội bóng chuyền, đấu kiếm, và wrestling của Harvard.

Weld Boathouse và Newell Boathouse là địa điểm tập luyện của các đội chèo thuyền nam và nữ. Đội chèo thuyền nam cũng sử dụng khu phức hợp Red Top ở Ledyard, Connecticut làm trại huấn luyện cho Harvard-Yale Regatta, cuộc đua thuyền hằng năm giữa Harvard và Yale khởi đầu từ năm 1852. Trung tâm Hockey Bright là sân nhà của các đội hockey của Harvard, còn Trung tâm Murr dành cho các đội quần vợt và bóng quần (squash), và là trung tâm chăm sóc sức khỏe cho vận động viên tất cả các môn thi đấu.

Đến năm 2006, Harvard có 41 đội thi đấu trong Bảng 1 liên trường (đại học), đứng đầu danh sách các đại học thuộc Bảng 1 của Hiệp hội Thể thao Đại học Quốc gia (NCCA).

Đối thủ của Harvard là Yale, tất cả các cuộc tranh tài giữa hai trường này đều quyết liệt, cao điểm là các cuộc thi đấu bóng bầu dục mùa thu mỗi năm, khởi đầu từ năm 1875, trở nên nổi tiếng đến nỗi khi nhắc đến nó người ta chỉ đơn giảin gọi là "trận đấu". Dù không còn được xem là đội bóng số một như một thế kỷ trước đây (từng đoạt giải Rose Bowle năm 1920), Harvard và Yale đã ảnh hưởng đáng kể trên phong cách thi đấu của giải.

Lâu đời hơn giải Rose Bowl đến 23 năm là Harvard-Yale Regatta, các cuộc thi đấu giữa Harvard và Yale đều bắt nguồn từ giải này. Cuộc đua thuyền Harvard-Yale Regatta tổ chức hằng năm vào tháng Sáu trên sông Thames phía đông tiểu bang Connecticut. Đội Harvard được xếp vào một trong các đội chèo thuyền hàng đầu của quốc gia. Trong các môn thể thao khác, các đội thi đấu của Harvard cũng ở trong nhóm đầu như môn hockey trên băng (đối thủ chính là Cornell), bóng quần, mới đây Harvard giành các danh hiệu vô địch môn đấu kiếm nam và nữ của NCAA. Harvard cũng giành ngôi vô địch của Hiệp hội Đua thuyền Liên Đại học năm 2003.